水菹草多年生的沉水植物，对锌等重金属元素有较高的富集能力，用含锌混合废水栽培一个月左右，体内含锌量超过原来含锌量的8倍;菹草对砷的净化能力更强，它的自然含砷量在6ppm左右。在湖泊、水库等自然水体生态系统中, 菹草群落丛生处也是蚌、螺、摇蚊幼虫、水蚯蚓等生物的栖息与繁殖场所。菹草可促进鱼类安全越冬, 它在冬季冰下水体中正常生长, 其光合作用产生的氧气是水中溶解氧的重要来源, 为水域中鱼类安全越冬提供了保障。